Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου ιδρύθηκε από το Μυκονιάτη Γιώργο Μ. Δρακόπουλο και την σύζυγό του Ιωάννα και λειτουργεί από το 1985. Στεγάζεται σε ένα κυκλαδίτικο σπίτι του 19^ου αιώνα και βρίσκεται στο κέντρο της παραδοσιακής πόλης της Μυκόνου στη θέση Τρία Πηγάδια.

Σκοπός του Μουσείου είναι η έρευνα και προβολή της  ναυτικής ιστορίας και της ενασχόλησης των Ελλήνων με την θάλασσα από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα.

Οι χώροι του και ο κήπος του διαμορφώθηκαν κατάλληλα ώστε να αποτελούν ένα αρμονικό σύνολο για την παρουσίαση των εκθεμάτων του, που διακρίνονται σε στεγασμένα και υπαίθρια.

Στα στεγασμένα εκθέματα περιλαμβάνονται ομοιώματα πλοίων, ιστορικά ναυτικά έγγραφα, χαρακτικά, χάρτες, αρχαία αντικείμενα, καθώς και μία σπάνια συλλογή αρχαίων νομισμάτων με ναυτικές παραστάσεις. Τα βιβλία του Μουσείου βρίσκονται στο ΕΛΙΑ (Ελληνικό Λογοτεχνικό και Ιστορικό Αρχείο) το οποίο αποτελεί τμήμα του ΜΙΕΤ (Μορφωτικού Ιδρύματος Εθνικής Τραπέζης) στην Αθήνα.

Στα εκθέματα του κήπου περιλαμβάνονται ο αρχικός μηχανισμός του Φάρου “Αρμενιστής”, επιτύμβιες στήλες, ναυτικά όργανα και εργαλεία.

Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου διέσωσε και αποκατέστησε στην αρχική τους μορφή το ιστιοφόρο τύπου πέραμα «Ευαγγελίστρια» και το καλωδιακό ατμόπλοιο «Θαλής ο Μιλήσιος». Επίσης με πρωτοβουλία του Ιδρυτή και τις επίμονες προσπάθειες του, ηλεκτροδοτήθηκε η Δήλος.

Το Mουσείο είναι ίδρυμα ιδιωτικού δικαίου και βασίζεται στην στήριξη της οικογένειας του Ιδρυτή.